In 1955 werd Union Oberschöneweide geïntegreerd in de sportclub SC Motor Berlin. Twee jaar later fuseerde deze met enkele BSG's tot TSC Oberschöneweide. Deze club fuseerde in 1963 op zijn beurt met twee andere sportclubs tot TSC Berlin. De fusie werd door de overheid opgelegd, TSC zou een burgerlijk tegengewicht zijn voor de legerclub ASK Vorwärts Berlin en SC Dynamo Berlin. In 1965 besliste de overheid dan weer dat de voetbalafdelingen van de sterkste sportclubs zelfstandig moesten worden als een prestatiegerichte FC. De keuze voor TSC Berlin als FC was op zijn minst vreemd te noemen omdat de club in de DDR-Liga speelde en niet in de DDR-Oberliga. Op 20 januari werd de voetbalafdeling dan zelfstandig onder de naam 1. FC Union Berlin. De club maakte het lopende seizoen in de DDR-Liga af en kon wel meteen promotie afdwingen. In het eerste seizoen bij de elite werd de club verrassend zesde en eindigde zo voor beide Oost-Berlijnse rivalen. Hierdoor mocht de club al meteen deelnemen aan de Intertoto Cup. In een groep met Kjøbenhavns Boldklub, Union Teplice en GKS Katowice werd de club derde en was uitgeschakeld. 9 juni 1968: Wruck, Prüfke en Quest vieren de bekerwinst Een jaar later volgde het grootste succes tot nu toe van de club, de winst van de FDGB-Pokal. De club stond in de finale tegen de regerende landskampioen FC Carl Zeiss Jena en won met 2:1. De club plaatste zich voor de beker der bekerwinnaars, maar door de gebeurtenissen in de Praagse Lente lootte de UEFA alle clubs uit Oost-Europa tegen elkaar waardoor deze zich uiteindelijk terugtrokken. In de competitie werd de club laatste en degradeerde. Na één seizoen promoveerde de club weer en werd nu vijfde, de beste Oberliganotering voor de club aller tijden. Nadat FC Vorwärts Berlin in 1971 verhuisde naar Frankfurt an der Oder had Oost-Berlijn nog maar twee grote voetbalclubs. De trainingscentra in Berlijn en Brandenburg werden opnieuw opgedeeld. De clubs rekruteerden uit deze centra talentvolle jeugdspelers. Voorheen werd Oost-Berlijn in drie verdeeld, maar het vrijgekomen derde deel ging volledig naar BFC Dynamo. Ook in Brandenburg kwam een herverdeling en het district Potsdam moest aan Vorwärts Frankfurt afgestaan worden waardoor Union nog maar over 6 trainingscentra beschikte, terwijl BFC Dynamo er 38 had. Eindronde 1974: Union verliest thuis met 1:2 tegen HFC Chemie. Dit droeg ertoe bij dat de club in 1973 opnieuw degradeerde uit de Oberliga. De DDR-Liga werd geherstructureerd en bestond nu uit vijf reeksen, waarvan de kampioenen nog een eindronde speelden om de twee promovendi aan te duiden. De club werd drie keer op rij kampioen, maar pas in 1976 slaagde Union erin te promoveren. Buiten de promotie kreeg de club met Heinz Werner ook een nieuwe trainer. De club zorgde meteen voor een verrassing door in het Stadion der Weltjugend voor 45.000 toeschouwers met 0:1 te gaan winnen tegen BFC Dynamo. Ook de terugwedstrijd, eveneens in het Stadion der Weltjugend werd met 1:0 gewonnen. De Berlijnse derby's werden vanaf dit jaar in het grote stadion van BFC Dynamo gespeeld. De winst tegen Stasiclub Dynamo bracht vele supporters met zich mee en in 1977/78 had de club met gemiddeld 17308 toeschouwers, na Dynamo Dresden het tweede beste supportersaantal. In de competitie werden ze dat jaar achtste. Twee jaar later degradeerde de club terug naar de DDR-Liga. De derby's tegen Dynamo draaiden nu in het voordeel van Dynamo uit en ze wonnen met 5:0 en 6:0 cijfers. In de beker kregen ze zelfs een 1:8 om de oren. In de DDR-Liga werden ze meteen kampioen, maar voor de derde keer al misten ze de promotie in de eindronde. Een jaar later slaagden ze er wel in te promoveren. Ondanks de promotie werd de geliefde trainer Werner vervangen door Harry Nippert. Deze beslissing was omstreden omdat Nippert voorheen bij BFC Dynamo actief was. De club kon alleen maar thuis punten sprokkelen, maar dat volstond om het behoud te verzekeren. Het volgende seizoen was erg spannend voor de club. Door een overwinning op de laatste speeldag tegen rechtstreekse concurrent BSG Chemie Leipzig kwam Union nog op gelijke hoogte met Chemie. Doordat de clubs ook een gelijk doelsaldo hadden kwamen er twee testwedstrijden. Na een gelijkspel in Berlijn verloor de club in Leipzig en degradeerde. Elftal in 1983/84 Vanaf 1994 werd de Regionalliga Nordost de nieuwe derde klasse. Union bleef in de subtop, maar de schuldenberg van de club bleef maar groeien. In 1995 werd voor de derde keer op rij een licentie voor de profliga geweigerd, al kon de club zich hier dit seizoen sportief niet voor plaatsen. In februari 1997 verscheen in de pers dat een faillissement onafwendbaar was. De supporters zetten echter een reddingsactie op touw en het faillissement werd afgewend door een sponsorverdrag met Nike voor vijf jaar. Toch bleven spelers en ook trainers de club verlaten. In januari 1998 engageerde Michael Kölmel zich met zijn firma Kinowelt waardoor de club echt gered werd. De bekende zangeres Nina Hagen zong in die tijd ook een nieuwe clubhymne in. In 2000 werd de club kampioen en nam andermaal deel aan de eindronde om promotie, maar ook nu kon de club het niet waarmaken, na penalty’s tegen VfL Osnabrück. Het volgende seizoen in de Regionalliga Nord werd een succes met een nieuwe titel en deze keer promoveerde de club meteen naar de 2. Bundesliga. In de DFB-Pokal zorgde de club voor furore door de halve finale te bereiken tegen Borussia Mönchengladbach. De club speelde gelijk en kon na penalty’s met 6:4 een plaats in de finale afdwingen. In de finale verloor de club met 0:2 van FC Schalke 04, die in de Bundesliga tweede werd. Doordat Schalke als vicekampioen al geplaatst was voor de UEFA Champions League mocht Union naar de UEFA Cup en is tot op de heden de enige Duitse derdeklasser die hierin slaagde. Na een overwinning op het Finse Haka Valkeakoski verloor de club in de tweede ronde van het Bulgaarse Litex Lovetsj. In het eerste seizoen werd de club verrassend zesde en op de laatste speeldag verhinderde de club nog de promotie van 1. FSV Mainz 05 naar de Bundesliga door de club met 3:1 te verslaan. In het tweede seizoen werd nog de negende plaats bereikt, maar in het derde seizoen volgde een degradatie. Na een succesrijke periode volgde een diep dal. De club werd laatste in de Regionalliga en zakte verder naar de Oberliga. Vier verschillende trainers konden de degradatie niet afwenden. Ook doken opnieuw financiële problemen op. In de Oberliga trof de club oude aartsrivaal BFC Dynamo, dat al enkele jaren aan lager wal geraakt was. Bij de heenwedstrijd won Union voor 14.000 toeschouwers met 8:0. De terugwedstrijd werd geboycot door de fans waardoor de wedstrijd bij 1:1 gestopt werd omdat supporters van Dynamo de versperringen in het stadion afbraken om zo door te dringen tot in het toeschouwersvak. Union kreeg hiervoor later een 2:0 overwinning toegekend. Aan het einde van het seizoen werd de club kampioen en keerde terug naar de Regionalliga. De club begon goed aan het seizoen en stond zelfs aan de leiding maar dan ging het bergaf waardoor de club slechts twaalfde werd. In 2008 werd de club vierde, wat volstond voor kwalificatie voor de 3. Liga, een nieuwe profliga die nu als derde klasse fungeerde. Wegens renovatiewerken aan het stadion speelde de club thuiswedstrijden in het Jahnsportpark. Door vertragingen met de bouw moest de club uiteindelijk het volledige seizoen ergens anders afwerken. Ondanks dit kon de club op de 21ste speeldag de leiding in de competitie overnemen van SC Paderborn en gaf deze daarna niet meer af. Na dertien maanden bouwwerken werd het gerenoveerde stadion ingewijd met een wedstrijd tegen Hertha BSC (3:5). De promovendus mocht aan de DFB-Pokal deelnemen en verloor in de eerste ronde van titelverdediger Werder Bremen met 0:5. Tot de veertiende speeldag stond de club in de top vijf, maar zakte dan wat weg naar de middenmoot. Op de voorlaatste speeldag kon de club pas echt het behoud verzekeren en werd uiteindelijk twaalfde. Op 24 augustus 2009 ontbond Union het contract met hoofdsponsor ISP. De reden voor deze breuk is dat de manager van ISP een Stasi-verleden heeft. Het tweede seizoen in de 2. Bundesliga begon slecht met twee punten uit vier wedstrijden en een vroege uitschakeling in de DFB-Pokal door het twee klassen lagere spelende Hallescher FC. Aan het einde van het seizoen eindigde de club elfde. In 2012 werd de club zevende. Ook de volgende jaren eindigde de club steevast in de top tien. In seizoen 2016/17 nam de club na een zegereeks van zes wedstrijden de leiding over van VfB Stuttgart op de 25ste speeldag. Door een een 1 op 9 hierna moest de club wel de leidersplaats afstaan. Ook daarna bleef de club wisselvallig waardoor ze uiteindelijk vierde eindigden.